Sejarah SMA Negeri 12 Samarinda terbentuk pada tahun 2002, SMA Negeri 12 Samarinda terletak di jalan poros Samarinda-Bontang Km 32 Kelurahan Sungai Siring Kecamatan Samarinda Utara. Lokasi ini berada di bagian ujung kota Samarinda. Letaknya tidak jauh dengan Tambang Batu Bara, Taman Wisata Budaya Pampang, Bandara APT Pranoto, SMP Negeri 19 Samarinda, SD dan Puskesmas. Letak ini menjadikan SMA Negeri 12 Samarinda berada dalam lingkungan masyarakat pinggiran kota Samarinda.

Sekolah ini didirikan dari keinginan masyarakat sekitar yang ingin mencerdaskan anak di daerah perbatasan jalan poros samarinda bontang. Guru-guru SMA N 12 Samarinda merasa terpanggil dengan melihat kondisi di daerah perbatasan, masih belum tersedianya fasilitas sekolah SMA dan hanya terdapat sekolah sekolah yang berbasis sekolah menengah pertama, seperti SMP Negeri 19 dan SMP Negeri 30. Sehingga hal tersebutlah yang memicu berdirinya sekolah SMA N 12 Samarinda dari aspirasi masyarakat dibantu oleh perangkat RT/RW sekitar beserta Kelurahan di Sungai siring.

Sebelum adanya bangunan SMA Negeri 12 guru-guru dan staff sekolah  SMA Negeri 12 Samarinda menumpang di gedung SMP Negeri 19 yang terletak di KM 37 jalan Poros samarinda-bontang selama 1 tahun. Setelah 1 tahun pembangunan gedung Sekolah SMA Negeri 12 selesai, guru-guru mulai pindah ke bangunan baru dengan mengajak guru-guru dari SMP Negeri 19 untuk membantu menjadi pengajar seperti Pak Irham Yusuf, dan Pak Aspian Nur. Untuk guru-guru angkatan pertama di SMA Negeri 12 samarinda sendiri di waikili oleh, Bu Sumiyati, Bu Rosnah, Pak Muhammad Naim, Pak Setyo Asmoro, Pak Haji Anjaryono, dan Di kepalai oleh Pak Muhammad Bajuri. Sekolah ini diresmikan oleh Walikota Drs. H. Achmad Amins, MM pada tanggal 19 Januari tahun 2004. Sejak berdiri, sekolah ini telah dipimpin oleh berbagai kepala sekolah, antara lain: